日本第二梯队的药企包括麒麟、中外、田边三菱和住友等，这几个企业世界排名一度进入世界前50名。中外制药被罗氏控股，生物制品研发管线非常强大，尤其是单抗领域。麒麟的特长也是生物制品，研发管线中多个单抗药物已经进入收获阶段，而田边三菱拥有明星产品卡格列净，住友有美罗培南……第三梯队的日本药企，2016年销售额在10亿美元-30亿美元之间。这一梯队的很多药企研发实力也都比较强，盐野义的抗病毒、小野的PD-1单抗、参天的眼科用药、久光的透皮贴剂，在世界范围内都具有非常高的知名度。
很多日本药企，尤其是第二、第三梯队，他们都具有一个相似的特征，他们大多都是在上世纪90年代后通过研发ME TOO产品“起家”，靠一个或几个新药产品迅速“发家致富”，短短十年间就走向了世界前五十强。但随着FDA对ME TOO产品的审批收紧和“摇钱树”的专利到期，他们的销售额和利润开始下滑。因此相比辉瑞、诺华等传统制药巨头，日本的药企大多是“后起之秀”，抵抗专利悬崖风险能力较差。
尽管日本第二、第三梯队的药企尽管销售额无法跟第一梯队相提并论，但他们中的很多企业也拥有明星产品，因为全球化能力有限，他们的产品的全球权益大多授权给了欧美制药巨头，因此他们的销售额不高，但利润很高。在“摇钱树”枝繁叶茂的几年里，他们可赚下很多钱，然后通过在全球范围内兼并或收购，实力得到迅速扩张。
尽管如何突破“瓶颈”是日本制药巨头们首要思考的问题，但也有一些中小药企正在沿袭着他们的道路向前发展。在未来几年即将“爆发”的日本药企是盐野义和小野，而让他们进入世界50强的“摇钱树”分别为感冒药Xofluza和PD-1单抗Opdivo。
